Pinguin Waitaha ( Megadyptes waitaha ) ialah spesies pinguin di Selandia Baru yang telah punah yang ditemukan pada bulan November 2008.Spesies baru ditemukan oleh ilmuwan dari Universitas Otago dan Universitas Adelaide yang membandingkan tulang kaki sediaan pinguin berusia 500 tahun, 100 tahun, dan sekarang. Awalnya mereka percaya bahwa semuanya masuk spesies pinguin bermata kuning (Megadyptes antipodes) yang sudah terancam sejak permukiman manusia.
Namun, tulang yang berusia 500 tahun menghasilkan DNA yang berbeda dan "kurang lebih 10% lebih kecil daripada pinguin mata kuning. Kedua spesies itu berhubungan erat". "Penemuan kami menunjukkan bahwa pinguin mata kuning di Selandia Baru daratan bukanlah sisa populasi yang dahulu melimpah dan sekarang merosot, namun berasal dari sub-Antarktika yang relatif terkini dan menggantikan pinguin Waitaha yang sekarang lenyap," kata anggota tim Dr. Jeremy Austin, wakil direktur Australasian Centre for Ancient DNA.
Karena suku Māori setempat tidak punya catatan atas spesies berbeda ini, diperkirakan hewan ini telah punah antara tahun 1300-1500, segera setelah permukiman bangsa Polinesia di Selandia Baru. Laporan itu diterbitkan di jurnal ilmiah Proceedings of the Royal Society B