Membedakan jenis kelamin burung kenari memang agak sulit, tetapi tidak sukar bagi yang berpengalaman. Mengingat antara jantan dan betina ada tanda-tanda untuk membedakannya. Berikut ini beberapa tanda pada bagian tubuh yang dapat digunakan untuk membedakan kenari jantan dan betina.
a. Suara
Kenari jantan cenderung lebih sering berbunyi dan mempunyai aneka lagu serta volume suaranya yang lebih keras. Sementara kenari betina memiliki bunyi yang monoton dengan volume suara yang kecil. Bahkan, burung ini biasanya suka berbunyi saat birahi.
b. Kepala
Bentuk kepala kenari jantan lebih bulat disbanding dengan kepala kenari betina yang agak lonjong. Tentunya agar terlihat jelas, antara betina dan jantan sebaiknya didekatkan serta diamati secara cermat
c. Leher
Bentuk leher kenari jantan terlihat lebih pendek dan lebih besar. Hal ini dikarenakan kenari jantan memiliki gelembung udara yang besar. Kepalanya terlihat menyatu dengan leher, berbeda dengan kenari betina yang tampak jelas antara kepala dengan leher. Leher kenari betina terlihat lebih panjang dan ramping.
d. Dubur